Δίπλα στο εκκλησάκι που κάποτε ήταν αφιερωμένο στον Άγιο Μηνά και την Παρουσίαση του Χριστού στο Ναό, που σήμερα είναι γνωστό ως «μικρός Άγιος Μηνάς»,
δημιουργήθηκε ένα εντυπωσιακό νέο ιερό προς τιμήν του Αγίου Μηνά (Άγιος Μηνάς), που τιμάται ως προστάτης και υπερασπιστής του Μεγάλου Κάστρου.
Ανεγέρθηκε το 1895, αυτή η εντυπωσιακή κατασκευή συνδυάζει τον θρύλο, την παράδοση και την ιστορική αφήγηση της πόλης. Ξεκινώντας την κατασκευή του το 1862, η εκκλησία υπέμεινε πάνω από 30 χρόνια σχολαστικής χειροτεχνίας.
Σήμερα, αυτός ο νέος καθεδρικός ναός παραμένει μια από τις πιο θαυμάσιες και επιβλητικές εκκλησίες της Ελλάδας, χρησιμεύοντας ως επίκεντρο για θρησκευτικούς και ιστορικούς εορτασμούς στο Ηράκλειο. Ιδιαίτερα έχει σημασία στις 11 Νοεμβρίου, ανάμνηση της μεγάλης εορτής του Αγίου Μηνά.
Αρχιτεκτονημένος από τον Αθανάσιο Μούση και χρηματοδοτούμενος από εισφορές μοναστηριών και ευσεβών, αυτός ο μνημειώδης ναός ενσαρκώνει ένα εγγεγραμμένο σταυροειδές σχέδιο που στεφανώνεται από έναν τρούλο στην κορυφή ενός ψηλού βάθρου. Εσωτερικά διαθέτει στοιχεία που θυμίζουν τρίκλιτη βασιλική. Αγκυροβολούν τη δομή δύο καμπαναριά που βρίσκονται στη βορειοανατολική και νοτιοδυτική γωνία. Το περίτεχνα φιλοτεχνημένο τέμπλο και ο επισκοπικός θρόνος, γλυπτά από λευκό και πράσινο μάρμαρο Τήνου, οραματίστηκε στις αρχές του 20ου αιώνα ο Αναστάσιος Ορλάνδος και στολίστηκε από τον Φ. Σκάρη. Οι τοιχογραφίες, που αποδίδονται στον αγιογράφο Στέλιο Καρτάκη, χρονολογούνται στο 1960.
Σημειωτέον, στο βόρειο εξωτερικό της εκκλησίας, στηρίζεται μια βόμβα που δεν έχει εκραγεί κατά τη διάρκεια του γερμανικού βομβαρδισμού του Ηρακλείου το 1941—ένα θαυμαστό γεγονός που στέκεται ως μια οδυνηρή απόδειξη της ιστορίας.
