Δίπλα στο σύγχρονο λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκεται το γοητευτικό ενετικό λιμάνι, μεταμορφωμένο πλέον σε μαρίνα,
που φυλάσσεται από το τρομερό φρούριο Κούλες που ιστορικά φύλαγε την είσοδό του. Ξεκινώντας από αυτό το σημείο, η προβλήτα του σύγχρονου λιμανιού, μήκους 2 χιλιομέτρων, αποτελεί μια αγαπημένη πεζοπορική διαδρομή για τους ντόπιους.
Απέναντι από το Κούλε, όπου βρίσκεται τώρα το καφέ Μαρίνα, υπήρχε ένα μικρότερο οχυρό γνωστό ως Μικρος Κούλες μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα, προστατεύοντας την απέναντι πλευρά της εισόδου. Η παραλιακή λεωφόρος διατηρεί απομεινάρια των επιμήκων τοξωτών ναυπηγείων, της δεξαμενής Zane (δίπλα στα μεγαλύτερα ναυπηγεία) και της αποθήκης αλατιού που βρίσκεται ανάμεσα στα μεγάλα και τα μικρά ναυπηγεία.
Αρχικά κατασκευάστηκε από τους Άραβες τον 9ο – 10ο αιώνα για πειρατικές αποστολές, το λιμάνι χρησιμοποιήθηκε αργότερα από το βυζαντινό κάστρο του Χάνδαξ (όπως ήταν γνωστό το Ηράκλειο εκείνη την εποχή) μετά το 961 μ.Χ. Υπό την κυριαρχία των Ενετών, το λιμάνι της Candia άκμασε ως το σημαντικότερο λιμάνι στην Ανατολική Μεσόγειο, με παραγωγικές εξαγωγικές δραστηριότητες. Κατά τον 17ο αιώνα, φιλοξενούσε έως και 50 γαλέρες και, κυρίως κατά τον Κρητικό πόλεμο κατά των Τούρκων, χρησιμοποίησε μια τεράστια μεταλλική αλυσίδα για να φράξει την είσοδο κάθε βράδυ. Οι εξαγωγές στην Ευρώπη περιελάμβαναν φημισμένα προϊόντα όπως το κρασί Malvasia, το αλάτι Ελούντα, το μέλι, το τυρί, το κερί μέλισσας, το μετάξι, τις σταφίδες, το βαμβάκι και το ελαιόλαδο.
Σε όλη την Οθωμανική εποχή, οι Τούρκοι διατήρησαν τον έλεγχο αυτού του κομβικού λιμανιού. Ωστόσο, το γραφικό λιμάνι υπέστη σημαντικές αλλοιώσεις κατά τον εκσυγχρονισμό του 20ου αιώνα, ανοίγοντας χώρο για τον παραλιακό δρόμο και το νέο λιμάνι. Τα περισσότερα ναυπηγεία, οι Μικρος Κούλες και η Πύλη του Μώλου γκρεμίστηκαν. Η τελευταία πύλη αναδύθηκε στην αρχή του σημερινού πεζόδρομου της 25ης Αυγούστου, ρυθμίζοντας την πρόσβαση στο λιμάνι.
Οι Κούλες, το τρομερό μεσαιωνικό φρούριο, στέκεται ακόμα στη βάση του δυτικού κυματοθραύστη του σύγχρονου λιμανιού του Ηρακλείου. Αρχικά γνωστό ως Rocca al Mare από τους Βενετούς ιδρυτές του, Κούλες, ή Μεγάλοι Κούλες, συνυπήρχαν με τους Μικρούς Κούλες απέναντι από την προβλήτα της μαρίνας, που κατεδαφίστηκαν στις αρχές του 20ου αιώνα για να δημιουργηθεί ο χώρος της προβλήτας. Επιπλέον, οι Κούλες κατασκευάστηκαν στο έδαφος ενός άλλου στρογγυλού πύργου με επάλξεις.
Η εξέλιξη αυτού του φρουρίου αντικατοπτρίζει τόσο την αρχιτεκτονική εξέλιξη όσο και την ιστορική σημασία. Κατά τη Μινωική Εποχή και μετά, η Κρήτη δεν αντιμετώπισε εξωτερικές απειλές, παρακάμπτοντας την ανάγκη για παράκτιες οχυρώσεις. Ωστόσο, η άνοδος των πειρατών στη Μεσόγειο κατέστησε αναγκαία τις οχυρώσεις για πόλεις και λιμάνια. Ενώ οι Βυζαντινοί οχύρωσαν αρκετές τοποθεσίες της Κρήτης, το εύρος των προσπαθειών τους απέτυχε. Κατά συνέπεια, η Κρήτη υπέκυψε στην αραβική κατάκτηση το 824 μ.Χ., οδηγώντας στην οχύρωση του Ηρακλείου ως Κάνδαξ, βάση για τις πειρατικές επιδρομές. Μετά από διάφορες ανατροπές, οι Βενετοί ανέλαβαν, οχύρωσαν την πόλη με σημαντικά τείχη και την μετονόμασαν Candia ή Grand Castle. Για να ενισχύσουν την ασφάλεια του λιμανιού, έχτισαν το περίφημο φρούριο Rocca al Mare, αρχικά ένας μέτριος πύργος, όπως αναφέρθηκε προηγουμένως.
